Wojskowy Instytut Medyczny funkcjonuje w oparciu o dokumenty normatywne.

Podstawowe dokumenty stanowią:

Rozporządzenie Ministra Obrony Narodowej z dnia 27 listopada 2002 r. w sprawie utworzenia Wojskowego Instytutu Medycznego (Dz.U. z dnia 30 listopada 2002 r.)

Zarządzenie Nr 4/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 18 lutego 2020 r. w sprawie zatwierdzenia statutu instytutu badawczego pod nazwą "Wojskowy Instytut Medyczny" (Dz. Urz. MON z 2020 r. poz. 32).

Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 13 września 2022 r. w sprawie nadania Wojskowemu Instytutowi Medycznemu statusu państwowego instytutu badawczego (Dz. U. poz. 2044)(Dz. U. poz. 2044).

Ustawa z dnia 30 kwietnia 2010 r. o instytutach badawczych (t.j. Dz. U. z 2022 r. poz. 498).